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ジ、トリペプチド 活性予測表

血圧上昇作用のあるアンジオテンシンII のC末端側に2個のアミノ酸が加わるだけでその作用がなくなります。

アンジオテンシンI : Asp - Arg - Val - Tyr - Ile - His - Pro - Phe - His - Leu – OH

アンジオテンシンII : Asp - Arg - Val - Tyr - Ile - His - Pro - Phe – OH

ここがペプチドの不思議なこところです。粘着テープは長くなりますと、よりしっかりくっつきます。少なくとも、くっつかなくなることは絶対にありません。

そこで当社では南部理論のゆらぎをヒントに、ペプチドも考案した数式で分子量等を処理した結果、かなり小さなゆらぎがあることを発見しました。

紐に例えて申しますと両サイドを手で持って揺らしますと正弦波にゆらぎます。

アンジオテンシンI は10個の様々な分子量のアミノ酸がつながっています。この場合、アミノ酸の順番はいいですが長すぎますので、対称性の破れのため紐のようにきれいに揺らぎません。

8個のアミノ酸のアンジオテンシンIIは、そのアミノ酸の順番と長さを数式上の処理しますと、紐のように対称性となりますのできれいに揺らぎます。その対称性と活性、作用との比例関係にあることを確認し、さらに発展させた結果アミノ酸の置換候補などを推定できることがわかり、TYシンメトリー法を確立いたしました。それはペプチドバランスサービスでご案内してます。

ジ、トリペプチドは、配列が短いですので全てきれいに揺らぎます。しかし揺らぎやすさは異なります。それを連動性として表Aにしました。

配列のアミノ酸の候補などのご参考になると思います。

ジペプチドの青字は活性が高め、赤字は活性が低くなる傾向になります。

表A

※N末端がQですと構造的に不安定です。

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ジ、トリペプチドのアミノ酸間の連動性について

各アミノ酸の性質をTYシンメトリー法で、処理しまして表Bにしました。まずこの表を使用し連動性についてご説明いたします。

表B

  A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y HYP
1                                
2                              
3
4                                
5                                          
6                                
7                                      
8                                    
9                                      
10                            
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アミノ酸Aの場合には、正方形の数を縦に足しますと4個になります。
アミノ酸Gの場合には1個になります。これらの正方形をアミノ酸の腕とお考えください。

ジペプチドAGの場合は腕4個と1個の腕になります。すべての隣り合わせのアミノ酸間は、腕一個だけで繋ぐことになります。ということからジペプチドAGの場合は組み合わせが4種類です。

ACの場合は、Aの正方形が4個ですので組み合わせが12種類です。
AGの4種類に比べて、ACの12種類はアミノ酸の腕一個だけで繋ぐことになるプロセスが複雑になりますので連動性が低いとします。

ジ、トリペプチドの連動性は次のようになります。

トリペプチドの場合

連動性の高さをまとめたイメージ図

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連動性と活性との比例関係の検証

網羅的検証のため、長い配列の生理活性ペプチドを対象としました。
さらには検証の偏りを少なくするため、Urocortinほか様々なタイプの生理活性ペプチドでいたしました。

その結果、連動性が低いとされる表の赤字のアミノ酸が3個連続した配列が殆どなく、2個連続したところが、例えばUrocortin のように1箇所、多くても2箇所くらいです。

Urocortin

Asp-Asn-Pro-Ser-Leu-Ser-Ile-Asp-Leu-Thr-Phe-His-Leu-Leu-Arg-Thr-Leu-Leu-Glu-Leu-Ala-Arg-Thr-Gln-Ser-Gln-Arg-Glu-Arg-Ala-Glu-Gln-Asn-Arg-Ile-Ile-Phe-Asp-Ser-Val-NH2


また表Bの青字と赤字のアミノ酸の比率が、14:7 に対してUrocortinは28:8です。活性を有すUrocortinの青字のアミノ酸の比率が表の比率より明らかに高いですし、ほかの生理活性ペプチドもほぼ同様であることから、連動性と活性が比例関係にあるといえます。

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