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ペプチドとフィボナッチ数列

ペプチドの二次構造を解析するため、ペプチドのアミノ酸の分子量を黄金比で知られる、フィボナッチ数列、1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, 34, 55, 89, 144 で分解したのが以下の表です。これらの表から二次構造も対称性の概念の中に入るとし、TYシンメトリー法のサブアルゴリズムFとしました。

尚、ー次構造解析はメインアルゴリズム、TYシンメトリー法でおこないます。

Urocortinのアミノ酸の分子量をヒナボッチ数列で分解した場合

フィボナッチ数列で分解する組み合わせの中で、隣り合わせのアミノ酸、例えばAsp-Asnのように数字が被らないようにしまして表にしました。

その結果、緑、赤、紫、青、黄色が位置するところの各アミノ酸のヒナボッチ数列の欠ける数字を補填しあってます。この連続したアミノ酸は対称性の配列としてます。

そうしますと数列の中で89未満のところについて、どのような組み合わせの数字でも数字が被るところが出てきます。そこの部分と補填しないAlaのところを対称性の破れとします。当社考案の南部理論をヒントにした数式では、対称性の破れがあるほど分解しにくくなります。
細胞透過ペプチドは表のとおり、対称性の破れのあるアミノ酸が他の活性のあるペプチドよりかなり多いです。この理由として細胞透過の際、プロテアーゼ等の分解を受けないためという可能性が極めて高いと考えられます。

Urocortin

Asp-Asn-Pro-Ser-Leu-Ser-Ile-Asp-Leu-Thr-Phe-His-Leu-Leu-Arg-Thr-Leu-Leu-Glu-Leu-Ala-Arg-Thr-Gln-Ser-Gln-Arg-Glu-Arg-Ala-Glu-Gln-Asn-Arg-Ile-Ile-Phe-Asp-Ser-Val-NH2

[Arg8] - Vasopressin のアミノ酸の分子量をフィボナッチ数列で分解した場合

[Arg8] - Vasopressin をUrocortinと同様の手順で処理しますと、緑色のところがフィボナッチ数列の数字が被らない連続した配列です。

この場合はSS結合のところになります。

H - Cys - Tyr - Phe - Gln - Asn - Cys - Pro - Arg - Gly - NH2 (Disulfide bridge: 1 - 6)

細胞透過ペプチドの例

細胞透過性ペプチド HIV - 1 Tat (48 - 60) (GRKKRRQRRRPPQ)


細胞透過性ペプチド PTD4   (YARAAARQARA)

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