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ジ、トリペプチド 活性予測表

南部利論の自発的対称性の破れと、当社考案のTYシンメトリー法のサブアルゴリズムF、双方の考え方を統合しまして、ペプチドのアミノ酸間の連動性を数値化した後、表Aにいたしました。 これをTYシンメトリー法のサブアルゴリズムNと命名しました。

検証により連動性と活性が比例関係にあるのがわかりました。
配列のアミノ酸の選定などのご参考になると思います。

ジペプチドの青字は活性が高め、赤字は活性が低くなる傾向になります。

表A

※N末端がQですと構造的に不安定です。

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ジ、トリペプチドのアミノ酸間の連動性について

各アミノ酸の性質をTYシンメトリー法で、処理しまして表Bにしました。まずこの表を使用し連動性についてご説明いたします。

表B

  A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y HYP
1                                
2                              
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5                                          
6                                
7                                      
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アミノ酸Aの場合には、正方形の数を縦に足しますと4個になります。
アミノ酸Gの場合には1個になります。これらの正方形をアミノ酸の腕とお考えください。

ジペプチドAGの場合は腕4個と1個の腕になります。すべての隣り合わせのアミノ酸間は、腕一個だけで繋ぐことになります。ということからジペプチドAGの場合は組み合わせが4種類です。

ACの場合は、Aの正方形が4個ですので組み合わせが12種類です。
AGの4種類に比べて、ACの12種類はアミノ酸の腕一個だけで繋ぐことになるプロセスが複雑になりますので連動性が低いとします。

ジ、トリペプチドの連動性は次のようになります。

トリペプチドの場合

連動性の高さをまとめたイメージ図

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連動性と活性との比例関係の検証

網羅的検証のため、長い配列の生理活性ペプチドを対象としました。
さらには検証の偏りを少なくするため、Urocortinほか様々なタイプの生理活性ペプチドでいたしました。

その結果、連動性が低いとされる表の赤字のアミノ酸が3個連続した配列が殆どなく、2個連続したところが、例えばUrocortin のように1箇所、多くても2箇所くらいです。

Urocortin

Asp-Asn-Pro-Ser-Leu-Ser-Ile-Asp-Leu-Thr-Phe-His-Leu-Leu-Arg-Thr-Leu-Leu-Glu-Leu-Ala-Arg-Thr-Gln-Ser-Gln-Arg-Glu-Arg-Ala-Glu-Gln-Asn-Arg-Ile-Ile-Phe-Asp-Ser-Val-NH2


また表Bの青字と赤字のアミノ酸の比率が、14:7 に対してUrocortinは28:8です。活性を有すUrocortinの青字のアミノ酸の比率が表の比率より明らかに高いですし、ほかの生理活性ペプチドもほぼ同様であることから、連動性と活性が比例関係にあるといえます。

トリペプチドの作用、活性予測サービスについて

トリペプチドはジペプチドより1残基多い配列になりますので解析に1要素を加えることができます。その結果、精度がかなり上がりますし配列ごとに作用、活性のある型かどうかを区別できます。

5残基程度以上は解析要素として対称性を加えることで、目的の活性軸に沿ったアミノ酸置換などができます。詳しくはペプチドバランスサービスのページをご覧ください。

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