ペプチド工房

お問い合わせ

082-223-6347

  • ご質問等がございましたら
    お気軽にお問い合わせください
  • お問い合わせ

ペプチド工房

研究される方の手間を最小限に、良い結果のための、ジ、トリペプチドの作用、活性予測サービス

弊社開発のアルゴリズム、TYシンメトリー法で、候補の配列が作用、活性に働く型かどうかを推定するサービスです。
解析にはアミノ酸間の連動性と、ジペプチドとしてのバランスの2種類を使用します。

ホームページでは、アミノ酸間の連動性を表Aにしました。
検証により連動性と活性が比例関係にあります。
これについてご説明いたします。

ジペプチドの青字は活性が高め、赤字は活性が低くなる傾向になります。

表A

※N末端がQですと構造的に不安定です。

All rights are reserved by PH Japan.

ジ、トリペプチドのアミノ酸間の連動性について

各アミノ酸の性質をTYシンメトリー法で、処理しまして表Bにしました。まずこの表を使用し連動性についてご説明いたします。

表B

  A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y HYP
1                                
2                              
3
4                                
5                                          
6                                
7                                      
8                                    
9                                      
10                            
11                                          
12                                

All rights are reserved by PH Japan.

アミノ酸Aの場合には、正方形の数を縦に足しますと4個になります。
アミノ酸Gの場合には1個になります。これらの正方形をアミノ酸の腕とお考えください。

ジペプチドAGの場合は腕4個と1個の腕になります。すべての隣り合わせのアミノ酸間は、腕一個だけで繋ぐことになります。ということからジペプチドAGの場合は組み合わせが4種類です。

ACの場合は、Aの正方形が4個ですので組み合わせが12種類です。
AGの4種類に比べて、ACの12種類はアミノ酸の腕一個だけで繋ぐことになるプロセスが複雑になりますので連動性が低いとします。

ジ、トリペプチドの連動性は次のようになります。

トリペプチドの場合

連動性の高さをまとめたイメージ図

All rights are reserved by PH Japan.

連動性と活性との比例関係の検証

網羅的検証のため、長い配列の生理活性ペプチドを対象としました。
さらには検証の偏りを少なくするため、Urocortinほか様々なタイプの生理活性ペプチドでいたしました。

その結果、連動性が低いとされる表の赤字のアミノ酸が3個連続した配列が殆どなく、2個連続したところが、例えばUrocortin のように1箇所、多くても2箇所くらいです。

Urocortin

Asp-Asn-Pro-Ser-Leu-Ser-Ile-Asp-Leu-Thr-Phe-His-Leu-Leu-Arg-Thr-Leu-Leu-Glu-Leu-Ala-Arg-Thr-Gln-Ser-Gln-Arg-Glu-Arg-Ala-Glu-Gln-Asn-Arg-Ile-Ile-Phe-Asp-Ser-Val-NH2


また表Bの青字と赤字のアミノ酸の比率が、14:7 に対してUrocortinは28:8です。活性を有すUrocortinの青字のアミノ酸の比率が表の比率より明らかに高いですし、ほかの生理活性ペプチドもほぼ同様であることから、連動性と活性が比例関係にあるといえます。

ジペプチドの作用、活性予測サービスの作業工程

連動性については以上のご説明の通りです。
解析にはこのジペプチドとしてのバランスの2種類を使用します。
ジペプチドは互いのアミノ酸が足りないこところを補うことで、バランスをとることになります。

具体的には、β-アラニンとヒスチジンから成るイミダゾールジペプチドを例にしますと、表AでAHは青字ですので活性、作用が高めとなり、そしてアンセリンとカルシノンもバランスがとれています。
この両方の結果から作用、活性が高めの型と推定します。

しかしジペプチドAMを例にしますと表Aでは作用、活性を高めになっていますが、バランスが取れていませんので作用、活性が低い型と推定します。このような作業工程でいたします。

トリペプチドの作用、活性予測サービスについて

トリペプチドはジペプチドより1残基多い配列になりますので解析に1要素を加えることができます。その結果、精度がかなり上がりますし配列ごとに作用、活性のある型かどうかを区別できます。

5残基程度以上は解析要素として対称性を加えることで、目的の活性軸に沿ったアミノ酸置換などができます。詳しくは生理活性ペプチドサービスのページをご覧ください。

お問い合わせフォーム はこちら

ページの先頭へ